Pendant l'E3, GSC Game World a annoncé une préquelle de STALKER (entendez par là que le jeu arrive après le premier épisode mais qu'il parle d'évènements qui se sont passées avant) sous-titrée Clear Sky. Le scénario nous emmène une année avant le premier jeu, en 2010 donc. placé dans le coeur de la Zone (la partie nucléaire de Chernobyl), où une catastrophe a détruit tous les moyens de passage sécurisés, les stalkers se retrouvent isolés dans le dangereux territoire. Mais une nouvelle zone a été découverte, dans laquelle pourrait provenir les réponses nécessaire pour arrêter ce désastre.

Les circonstances traumatisantes font surgir des tensions entre les stalkers. Des groupes se disputent le contrôle des territoires nouvellement découvert. C'est chacun pour soi dans cette guerre entre factions.

Le protagoniste du jeu est un mercenaire du nom de Strelok qui ne prête allégeance à aucun groupe -- pas encore tout du moins. Les joueurs devront choisir un camp et conduire leur faction à la victoire.

De nouvelles zones attendent d'être explorées, notamment la forêt rouge, Limansk, et les Pripyat Undergrounds. L'IA des NPC a été apparemment amélioré, ils éviteront les obstacles de même qu'ils pourront désormais utiliser des grenades.

La sortie S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky est prévue pour le début de l'année 2008.