Typiquement dans le style Metroid, il existe de nombreuses fins qui peuvent être débloquées dans Metroid Fusion, en fonction de votre temps de jeu et du pourcentage d'objets rassemblés. Chaque fin révèle une image de Samus, qui fait découvrir une nouvelle parcelle de sa personnalité à chaque fois.
Pour terminer le jeu rapidement, utilisez les mouvements Accélérateur et Technique Comète partout où vous le pouvez.
Voici la liste complète des fins :
Plus de 4 heures, moins de 100% d'objets - Samus entièrement habillée.
Entre 2 et 4 heures, moins de 100% d'objets - Samus sans son casque, mais dos à la caméra.
Plus de 2 heures, 100% d'objets - Samus sans sa combinaison, sur fond de décor urbain.
Moins de 2 heures, moins de 100% d'objets - Samus sans sa combinaison, sur fond de décor spatial.
Moins de 2 heures, 100% d'objets - Samus sans sa combinaison, avec une planète en décor de fond.